Multiple Meta-omics Reveal Bacterial Interactions in Microbial Consortia
多维宏组学揭示复杂微生物系统中的物质交换
主讲人：余珂
博士，助理教授,环境与能源学院,北京大学深圳研究生院，本科毕业于武汉大学生命科学学院，在中科院水生生物研究所获得硕士学位，香港大学获得博士学位。曾在加州大学伯克利分校环境工程系担任博士后。
时间：2019.04.17 10:00 -11:30
地点：环境学院101
研究方向
(1) 构建新型多组学数据分析平台（https://www.sys-omics.com/）以理解微生物在复杂菌群中的相互作用；
(2) 结合宏组学预测的菌间相互关系，构建菌间关系的高效分子生物学方法验证方法；
(3) 采用多维组学手段（包括代谢组学，宏基因组学以及宏转录组学）研究厌氧氨氧化菌群菌间相互作用；
(4) 极端生境（极干旱、极寒冷、高盐度）中微生物、特殊人群与小型哺乳类动物肠道微生物生态研究。
主持或参加科研项目：
(5) （1）国家自然科学基金青年科学基金项目，基于多维组学技术解译厌氧氨氧化细菌对亚硝酸盐胁迫与分子氧胁迫响应的分子机制，在研，主持；
(6) （2）国家自然科学基金面上基金项目，解译驱动抗生素抗性产生的关键环境诱变因子及抗性产生机制，在研，主要参加者；
(7) （3）国家自然科学基金青年科学基金项目，城市生物滞留系统中的反硝化和厌氧氨氧化脱氮作用，在研，主要参加者；
代表性论文
• Ke Yu*#, Shan Yi#, Bing Li, Feng Guo, Xingxing Peng, Zhiping Wang, Yang Wu, Lisa Alvarez-Cohen and Tong Zhang*. An integrated meta-omics approach reveals substrates involved in synergistic interactions in a bisphenol A (BPA)- degrading microbial community. Microbiome. 2019, 7(1): 16.
• Ke Yuan#,Ke Yu#, Ruiqiang Yang, Qinghua Zhang, Ying Yang, Enzhong Chen, Lan Lin, Tiangang Luan, Wen Chen, Baowei Chen*. Metagenomic characterization of antibiotic resistance genes in Antarctic soils. Ecotoxicology and Environmental Safety. 2019, 176(30).
• Yujie Men*#,Ke Yu#, Jacob Bælum, Ying Gao, Julien Tremblay, Emmanuel Prestat, Ben Stenuit, Susannah G. Tringe, Janet Jansson, Tong Zhang, and Lisa Alvarez-Cohen. Metagenomic and metatranscriptomic analyses reveal structure and dynamics of a dechlorinating community containing Dehalococcoides mccartyi and corrinoid-providing microorganisms under cobalamin-limited condition. Applied and Environmental Microbiology, 2017, 83(8): e03508-16.
• Ke Yu, Tong Zhang*. Construction of customized sub-databases from NCBI-nr database for rapid annotation of huge Metagenomic datasets using a combined BLAST and MEGAN approach. PLoS ONE, 2013, 8(4): e59831
